在仪式中，与会人士先唱三民主义歌，并向孙中山先生画像行三鞠躬礼。之后，马英九向着孙中山像举起右手，宣誓就任总统。新任副总统萧万长也在总统府宣誓就任副总统。随后，副总统萧万长从立法院长王金平手中，接过“副总统之章”。

　　马英九在宣誓时指出，将遵守宪法，不负民众所托，之后接下印信与玉玺。

　　宣誓仪式由司法院长赖英照监誓，台湾各政府机关首长都在府内观礼。

　　在宣誓与接下印信后，马英九与萧万长在九点二十分，送陈水扁、吕秀莲离开总统府；之后，扁、吕二人回归平民身份。

　　随后，正式成为正副总统的马英九和萧万长开始履行职务，包括接见各国外观礼团，建立上任后的首次外交关系，并批阅上任的第一份公文，也就是任命行政院长刘兆玄，而各内阁部会首长也宣誓就职，马团队正式就任。

　　马英九今天上午十一时，将在台北小巨蛋以“人民奋起 台湾新生”为题，发表就职演说，预估现场将有一万五千名观礼民众。

　　台湾媒体报道，马英九今天将在就职演说中指出，以符合台湾主流民意的“不统、不独、不武”的理念，维持台湾海峡现状，也强调要在“九二共识”的基础下，尽早恢复两岸协商。

　　马英九也将提到，两岸不管在台湾海峡或国际社会都应该和解休兵，并在国际组织、国际活动中，相互协助、彼此尊重；他并将秉持台湾精神，坚持“以台湾为主，对人民有利”的原则，建设台澎金马。

　　报道说，马英九的就职演说共三千七百多字，内容涵盖两岸议题、外交议题、经济议题、民主的价值、台湾的论述、宪政的议题、还有廉能的议题。其中着墨最多的是台湾论述、两岸关系与民主制度。